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Orphadata – nouvelle plateforme d’Orphanet

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Maladies rares

Depuis 2011, Orphanet donne accès à des jeux de données massifs à partir de sa base de données, au profit de la recherche, via la plateforme Orphadata. Orphadata dispose ce mois-ci d’un nouveau site Web, entièrement rénové, plus facile à comprendre et à naviguer.

Visitez le site ORPHADATA : http://www.orphadata.org/cgi-bin/index.php

Les utilisateurs peuvent désormais accéder directement aux échantillons et aux définitions schématiques des jeux de données librement accessibles, ainsi qu’à des échantillons gratuits des jeux de données à la demande. Les schémas disponibles permettent aux utilisateurs d’exploiter plus facilement les jeux de données fournis via une licence Creative Commons en ligne. Les utilisateurs peuvent désormais voir, d’un seul coup d’œil, le nombre de types de données différents dans la base de données et la taille des fichiers.

Un certain nombre de formats de données (pour le moment XML et JSON) sont disponibles et mis à jour chaque mois : un SPARQL endpointbasé sur la technologie Blazegraph sera également bientôt disponible pour tous les jeux de données. Il est désormais possible d’accéder, depuis le site, à l’Orphadata GitHub, afin de visualiser les versions précédentes des jeux de données et de visualiser les changements dans les versions.

La plateforme donne également accès à l’ontologie des maladies rares Orphanet (ORDO) et au module ontologique HPO-ORDO (HOOM). Sur la nouvelle plateforme Orphadata, les utilisateurs peuvent accéder à un SPARQL endpoint pour ORDO et HOOM, ainsi qu’à un Docker Blazegraph afin d’exécuter des requêtes locales.

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